应缴国库款核算的是上缴国库的部分，而应缴财政专户款是上缴财政的部分。
您看一下具体规定。
应缴预算款
本科目核算事业单位按规定应缴入国家预算的收入。
应缴预算收入主要包括：事业单位代收的纳入预算管理的基金、行政性收费收入、罚没收入、无主财物变价收入和其他按预算管理规定应上缴预算的款项。
应缴财政专户款
一、本科目核算事业单位按规定应缴入财政专户的款项。
二、本科目应当按照应缴财政专户的各款项类别进行明细核算。
三、应缴财政专户款的主要账务处理如下：
（一）取得应缴财政专户的款项时，借记有关科目，贷记本科目。
（二）上缴款项时，借记本科目，贷记“银行存款”等科目。
四、本科目期末贷方余额，反映事业单位应缴入财政专户但尚未缴纳的款项。
应缴国库款
一、本科目核算事业单位按规定应缴入国库的款项（应缴税费除外）。
二、本科目应当按照应缴国库的各款项类别进行明细核算。
三、应缴国库款的主要账务处理如下：
（一）按规定计算确定或实际取得应缴国库的款项时，借记有关科目，贷记本科目。
（二）事业单位处臵资产取得的应上缴国库的处臵净收入的账务处理，参见“待处臵资产损溢”科目。
（三）上缴款项时，借记本科目，贷记“银行存款”等科目。
四、本科目期末贷方余额，反映事业单位应缴入国库但尚未缴纳的款项。
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